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Raras

Working · 3.6 s

io.github.rarasAI/rarasv0.2.0

Disease Twin — Brazil's rare-disease knowledge graph (10,468) over MCP. Source-grounded, PT-BR.

Health & Science

Source Website Registry entry

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https://raras.org/api/mcp

Requests go through mcptry because browsers can't call most MCP servers directly. Header values are sent to the server for that request only and are never stored or logged.

Tool list from our last check. Connect live to refresh it.

analyze_clinical_case Read-only

Caso clínico → doenças candidatas + literatura relevante em 1 chamada. Apenas informativo, nunca diagnóstico.

case_descriptionstring, required

papers_limitinteger

diseases_limitinteger

Raras MCP server | mcptry

Tools (20)

analyze_clinical_case

Caso clínico → doenças candidatas + literatura relevante em 1 chamada. Apenas informativo, nunca diagnóstico.

read-only

Argument	Type	Description
papers_limit	integer
diseases_limit	integer
case_description*	string

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "required": [
    "case_description"
  ],
  "properties": {
    "papers_limit": {
      "type": "integer",
      "default": 5,
      "maximum": 20,
      "minimum": 1
    },
    "diseases_limit": {
      "type": "integer",
      "default": 5,
      "maximum": 20,
      "minimum": 1
    },
    "case_description": {
      "type": "string",
      "minLength": 20
    }
  }
}

explain_relation

Raciocínio fundamentado sobre o grafo: dada uma pergunta (ex.: "por que o gene X se associa à doença Y?", "como a droga Z se relaciona a esta doença?"), retorna caminhos de evidência multi-hop (doença↔gene↔via↔droga↔fenótipo) com proveniência citável. Se não houver caminho no grafo, recusa — nunca inventa.

read-only

Argument	Type	Description
query*	string
hpo_ids	array
max_hops	any

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "required": [
    "query"
  ],
  "properties": {
    "query": {
      "type": "string",
      "minLength": 3
    },
    "hpo_ids": {
      "type": "array",
      "items": {
        "type": "string",
        "pattern": "^HP:\\d+$"
      },
      "maxItems": 20
    },
    "max_hops": {
      "anyOf": [
        {
          "type": "number",
          "const": 2
        },
        {
          "type": "number",
          "const": 3
        }
      ],
      "default": 2
    }
  }
}

find_active_trials

Trials ativos com filtro Brazil.

Argument	Type	Description
limit	integer
orphaCode*	string
in_brazil_only	boolean

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "required": [
    "orphaCode"
  ],
  "properties": {
    "limit": {
      "type": "integer",
      "default": 15,
      "maximum": 30,
      "minimum": 1
    },
    "orphaCode": {
      "type": "string",
      "pattern": "^\\d+$"
    },
    "in_brazil_only": {
      "type": "boolean",
      "default": false
    }
  }
}

find_diseases_by_phenotypes

Match por IDs HPO. Use para diagnóstico diferencial.

Argument	Type	Description
limit	integer
hpo_ids*	array

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "required": [
    "hpo_ids"
  ],
  "properties": {
    "limit": {
      "type": "integer",
      "default": 10,
      "maximum": 30,
      "minimum": 1
    },
    "hpo_ids": {
      "type": "array",
      "items": {
        "type": "string",
        "pattern": "^HP:\\d+$"
      },
      "maxItems": 20,
      "minItems": 1
    }
  }
}

find_papers_for_disease

Literatura relacionada a uma doença via embeddings (:SEMANTIC_MATCH, fallback vetorial).

Argument	Type	Description
limit	integer
min_score	number
orphaCode*	string

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "required": [
    "orphaCode"
  ],
  "properties": {
    "limit": {
      "type": "integer",
      "default": 10,
      "maximum": 30,
      "minimum": 1
    },
    "min_score": {
      "type": "number",
      "default": 0.8,
      "maximum": 1,
      "minimum": 0
    },
    "orphaCode": {
      "type": "string",
      "pattern": "^\\d+$"
    }
  }
}

find_phenotypically_similar

Doenças com perfil de fenótipos HPO semelhante (simGIC pré-computado, explicável: nº de fenótipos em comum). Complementa find_similar_diseases (semântico).

read-only

Argument	Type	Description
limit	integer
orphaCode*	string

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "required": [
    "orphaCode"
  ],
  "properties": {
    "limit": {
      "type": "integer",
      "default": 10,
      "maximum": 30,
      "minimum": 1
    },
    "orphaCode": {
      "type": "string",
      "pattern": "^\\d+$"
    }
  }
}

find_reference_centers

Centros por doença e/ou UF, com CNES.

Argument	Type	Description
limit	integer
state	string
orphaCode	string

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "properties": {
    "limit": {
      "type": "integer",
      "default": 20,
      "maximum": 50,
      "minimum": 1
    },
    "state": {
      "type": "string",
      "maxLength": 2,
      "minLength": 2
    },
    "orphaCode": {
      "type": "string",
      "pattern": "^\\d+$"
    }
  }
}

find_similar_diseases

Vector similarity via embeddings SOTA.

Argument	Type	Description
limit	integer
orphaCode*	string

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "required": [
    "orphaCode"
  ],
  "properties": {
    "limit": {
      "type": "integer",
      "default": 10,
      "maximum": 20,
      "minimum": 1
    },
    "orphaCode": {
      "type": "string",
      "pattern": "^\\d+$"
    }
  }
}

get_disease_detail

Fenótipos HPO, genes, SUS, trials, descrição clínica em PT.

Argument	Type	Description
orphaCode*	string

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "required": [
    "orphaCode"
  ],
  "properties": {
    "orphaCode": {
      "type": "string",
      "pattern": "^\\d+$"
    }
  }
}

get_evidence

Cross-references de autoridade (Orphanet, MONDO, OMIM, MeSH, GARD, UMLS), status de verificação e PMIDs de uma doença. A base da regra "nunca inventar".

read-only

Argument	Type	Description
orphaCode*	string

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "required": [
    "orphaCode"
  ],
  "properties": {
    "orphaCode": {
      "type": "string",
      "pattern": "^\\d+$"
    }
  }
}

get_graph_stats

Contagens e métricas do dataset.

No arguments.

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "properties": {}
}

get_hypotheses

Candidatos a reposicionamento de fármacos gerados por associação de genes (guilt-by-association): drogas que tratam outras doenças que compartilham genes com esta. HIPÓTESES para investigação, NUNCA recomendações clínicas — cada uma rastreável (via gene X, da doença Y).

read-only

Argument	Type	Description
orphaCode*	string

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "required": [
    "orphaCode"
  ],
  "properties": {
    "orphaCode": {
      "type": "string",
      "pattern": "^\\d+$"
    }
  }
}

get_literature_relations

Relações tipadas extraídas da literatura biomédica (associate/treat/cause/inhibit/stimulate/prevent) entre a doença e genes/fármacos, com nº de publicações como proveniência. Filtrável por predicado.

read-only

Argument	Type	Description
orphaCode*	string
predicate	string

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "required": [
    "orphaCode"
  ],
  "properties": {
    "orphaCode": {
      "type": "string",
      "pattern": "^\\d+$"
    },
    "predicate": {
      "enum": [
        "associate",
        "treat",
        "cause",
        "inhibit",
        "stimulate",
        "prevent",
        "positive_correlation",
        "negative_correlation"
      ],
      "type": "string"
    }
  }
}

get_recent_updates

Doenças cujo gêmeo digital ganhou evidência nova (autoria, PubTator3, Open Targets, verificação) nos últimos N dias. Faça polling para acompanhar mudanças (substituto stateless de subscriptions).

read-only

Argument	Type	Description
days	integer
limit	integer

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "properties": {
    "days": {
      "type": "integer",
      "default": 7,
      "maximum": 90,
      "minimum": 1
    },
    "limit": {
      "type": "integer",
      "default": 20,
      "maximum": 100,
      "minimum": 1
    }
  }
}

get_research_log

Registro cronológico do que o agente autônomo fez por esta doença: autoria, mineração de literatura, evidência genética, verificação, prospecção de fontes, recomputação de relações. Prova de que o gêmeo digital estuda a doença continuamente.

read-only

Argument	Type	Description
orphaCode*	string

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "required": [
    "orphaCode"
  ],
  "properties": {
    "orphaCode": {
      "type": "string",
      "pattern": "^\\d+$"
    }
  }
}

get_schema

Node labels, relationship types e property keys do grafo. Use antes de cypher_query.

read-only

No arguments.

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "properties": {}
}

get_sus_coverage

CEAF, SIGTAP, PNTN, nível de integração.

Argument	Type	Description
orphaCode*	string

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "required": [
    "orphaCode"
  ],
  "properties": {
    "orphaCode": {
      "type": "string",
      "pattern": "^\\d+$"
    }
  }
}

search_diseases

Full-text search em 10.468 doenças raras. Suporta filtros SUS/trials.

Argument	Type	Description
limit	integer
query*	string
filter_has_sus_coverage	boolean
filter_has_active_trials	boolean

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "required": [
    "query"
  ],
  "properties": {
    "limit": {
      "type": "integer",
      "default": 10,
      "maximum": 50,
      "minimum": 1
    },
    "query": {
      "type": "string",
      "minLength": 2
    },
    "filter_has_sus_coverage": {
      "type": "boolean"
    },
    "filter_has_active_trials": {
      "type": "boolean"
    }
  }
}

search_papers_semantic

Busca vetorial sobre 424k papers do PubMed. Use caso clínico, pergunta ou conjunto de sintomas.

Argument	Type	Description
limit	integer
query*	string
min_score	number

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "required": [
    "query"
  ],
  "properties": {
    "limit": {
      "type": "integer",
      "default": 10,
      "maximum": 30,
      "minimum": 1
    },
    "query": {
      "type": "string",
      "minLength": 3
    },
    "min_score": {
      "type": "number",
      "default": 0.8,
      "maximum": 1,
      "minimum": 0
    }
  }
}

search_phenotypes

Lookup HPO em PT-BR (encoder Araras-HPO-Brasil + léxico leigo) ou EN (vocabulário HPO). Retorna IDs HP: com estado de asserção: termo NEGADO ("nunca desmaiei") NÃO vira fenótipo. Outros idiomas não são cobertos. Limite de taxa: use poucas chamadas por minuto (429 = espere).

read-only

Argument	Type	Description
limit	integer
query*	string

Input schema (JSON)

{
  "type": "object",
  "$schema": "http://json-schema.org/draft-07/schema#",
  "required": [
    "query"
  ],
  "properties": {
    "limit": {
      "type": "integer",
      "default": 15,
      "maximum": 50,
      "minimum": 1
    },
    "query": {
      "type": "string",
      "minLength": 2
    }
  }
}